Il declino di Pisa iniziò nella seconda metà del Duecento, con la fine della dinastia sveva: la città, di solida tradizione ghibellina e da sempre schierata con l’Impero, con la morte di Federico II perse il suo miglior alleato.
Sarà quest’ultima a infliggerle il colpo decisivo, annientando la sua flotta nella battaglia della Meloria (1284).
Pisa perse così la sua supremazia commerciale e i suoi domini; vide anche inasprirsi le lotte tra fazioni interne, all’insegna di colpi di mano e rappresaglie feroci: una delle figure emblematiche di questo periodo fu il conte Ugolino della Gherardesca, protagonista di uno dei più tragici canti dell’Inferno dantesco.
L’instabilità politica consegnò la città dapprima alla signoria dei Visconti e poi dal 1406, dopo un lungo assedio, a Firenze.